2017年05月12日

かくして「プログラミング」は生物学者の必修科目となった

1 : ノチラ ★ :2017/05/12(金) 09:24:41.84 ID:CAP_USER.net
(省略)

そんな時代になったのか、と驚かされる。いまや生物学の主流はビッグデータだ。生物学者は研究室に通いつめ、生命体からデータを引き出す。「CRISPR-Cas9[日本語版記事]」のような新たな研究ツールの登場により、ますますデータは増える一方だ。ウデシも以前はExcelで自分の研究データを管理していたが、ここ5年でデータセットは急激に巨大化した。「1万5,000件のデータポイントを手作業で確認するなんて、もはや不可能なのです」と彼女は言う。すべてを分析するためには、生物学者は自分の実験にあわせたプログラムを自分で書くしかない。

全文
http://wired.jp/2017/05/11/biologists-teaching-code/








3 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:36:20.65 ID:xRc4mpzT.net
Phythonを使う前にやることがあるだろう
ただPhythonでは限界がある



5 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:38:04.74 ID:Yt7leVTE.net
>>3
知ったか乙

ライブラリが豊富だから需要あるんだよ



13 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 09:55:43.10 ID:TICXLTbF.net
>>3
言語名を全角で書くような奴が言っても説得力ゼロ



16 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 10:22:12.73 ID:jb1BGhnI.net
>>3
Phython っていう言語があるんだよ、きっと
俺らの知ってる Python とは別の



22 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 11:19:14.19 ID:QPyBs1cE.net
>>13
全角だと pyてょn ってなるぞ



4 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:37:04.72 ID:caRPX+yk.net
もうしばらくするとプログラミングは必修科目ではなくなって
さらにもうしばらくすると生物学者が必要なくなりそう



6 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 09:41:41.47 ID:OtoKdP9Z.net
マジだよ
最先端のバイオロジーは今や殆どデータサイエンスと化した
Rとかシェルとか使いこなせないと話にならん



9 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:46:33.81 ID:Yt7leVTE.net
>>6
R使いは重宝されるよ

データサイエンスの世界において、Pythonから入った人はプログラミングはできても計算に疎い


Rの人はそのあたりしっかりしてるから



26 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 12:53:46.27 ID:MufkblfR.net
>>9
Rできるけど研究室の事情でクビになったw



7 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:43:54.16 ID:xi88wn3f.net
Javaはいずこ。
こんどはどこに買収されるの?



8 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:43:59.90 ID:ocHmsmRH.net
ビッグデータ(1万5,000件)でもPhythonで十分できます


10 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:49:52.59 ID:gpuoCYLw.net
全部最初から最後まで人工知能にやらせた方が速そうだが


12 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:54:11.21 ID:pmwRG7Yo.net
>>10
そのうちそうなるだろうね
最初からというか、人工知能への目的の伝え方のコツが学者のスキルになる



11 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 09:51:04.81 ID:xi88wn3f.net
けっきょくネットワークに翻弄されてるだけだよね。


14 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 10:12:36.88 ID:tv2u37Vn.net
自然界との フラクタルでマンデルブローな相似


15 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 10:17:31.16 ID:wWYuwTG9.net
動物アイコンから好きなものを選ぶといい


17 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 10:24:07.85 ID:e4VnJQKI.net
日本のプログラムなら格安の月十数万の使いたい&使い捨て放題で雇えるのに。


20 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 11:11:38.29 ID:a/CODIN0.net
>>17
役に立たないけどね。
英語が通じないし。



18 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 10:43:47.41 ID:tv2u37Vn.net
それほど長くない数列で成るかの自然界の解明
真理への近道



19 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 11:02:35.84 ID:YrQip+C5.net
IT系だったけどプログラミングに関わる仕事拒否し続けてたらリストラされた


21 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 11:14:55.70 ID:vgr3mWvR.net
ファイルメーカープロで楽しくスクリプト!


23 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 11:59:35.93 ID:11PbZN7d.net
論理的な手順を記述すること(だけ)が目的だから、IT技術者の想定する
プログラミングとはちょっと違うと思うけどね
速度さえ十分ならデータベースやエクセルのマクロでも事足りるし、本格的に
速度が必要な部分はプロ(数理系の共同研究者)に依頼した方が速いと思う



24 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 12:20:06.42 ID:FSAiPMWj.net
生物系というかバイオインフォマティクス関係だろう
ピペドは相変わらず肉体労働



50 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 16:22:17.08 ID:SIJtgr4f.net
>>24
バイオインファマティクスは更にMatlabも必要だぞ
これは実験解析が多目な実験ラボだな



25 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 12:35:35.85 ID:FEy//OS6.net
大人になってからのプログラミングだと最先端を切り開くネイティブプログラマーには逆立ちしても勝てないし、かといってそういった宇宙人はアスペ気質の過集中が多いので結局は自分の分野は自分でとなるのか・・・。


27 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 13:01:01.02 ID:a/CODIN0.net
>>25
というか、コンピュータサイエンスについては知識や経験が豊富な凄腕プログラマでも
バイオインフォマティクスについての知識を持って無いのが普通だから、
やりたいことを伝えるのに手間がかかるってことだろう。



28 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 13:06:57.27 ID:nMWVks4u.net
深い層のプログラマーは表面の仕事はしないし、浅い層のプログラマーは深い層のことなんて知らないし
今の時代APIやフレームワークを効果的に活用する方が重要で、言語の知識はさほど必要ない



34 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 15:01:58.48 ID:K/oy0Yvw.net
おれちっちゃい頃 python をピトホンって読んでた


35 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 15:06:55.46 ID:EVJxun7x.net
俺、脳神経科学の研究者やってるが、
プログラミングどころか物理さえおぼつかない



36 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 15:11:25.29 ID:hx4SchH/.net
>>1 みたいな人らってバージョンアップできずに古いシステム使ってそうだなw
実はその手間を惜しむ事が競争から落ちていく落とし穴なんだよな。



39 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 15:23:26.16 ID:V/UuKTbC.net
こういう特殊用途
自分にとって重要だが、多くの人が使うものではないようなものは
自分で作れるようになるのがてっとりばやいだろうな
もちろん生物学全体でこういう流れになれば
需要が増えるからそこを狙った有料無料ソフトがいろいろでるだろうけど
自分が処理したい処理が実装されているかどうかはわからないから
(枠組みは一般向けソフトが提供しても)
自分に特化した部分は自分でつくらないといけない



40 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 15:32:06.51 ID:V/UuKTbC.net
Cをやるべきだって意見も
Pythonで充分って意見も
どっちの考え方もあるだろうな
使いたいソフトがあって、データがあって、手作業でそれにかけてもいいっちゃいいけど、そこを自動化したい
そういうつなぎの部分をやるだけならPythonでもいいだろうし
それよりももう少し深いこと、新規のアルゴリズム、高速アルゴリズムを自分で生み出したい
みたいな場合は高速化のための知識とかあったほうがいいだろうし
そこは立ち位置の違いによっていろいろじゃないのかな



41 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 15:44:34.40 ID:I+QAyxtQ.net
数値を扱うならCOBOL一択だろ
COBOL以外で計算された値なんて信用できない



42 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 15:45:30.60 ID:x1iLqGmW.net
ノーベル生理学賞取った大村智氏とか
生理学に重要な研究の当たり所を勘で探していくようなタイプの人は
プログラミング必要になったらついていけなくなるだろ



48 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 16:16:31.13 ID:9K+2viYz.net
>>42
AI「どんな種類のデータをどのようにでもどんどん解析します 日常語でご指定ください」

大村さん系「ほう、便利になったものじゃな これは流行りからずれたマイナーな対象なんだが、わしの勘は注目しておる
それにさらにこれこれの特殊な関連でもないか調べてみてくれ」

99%凡庸研究者「えっと、最近みんなで学会で話題のこういう対象、その範囲を少し広げたデータ一生懸命取ったよ、当然何か出る可能性高いと思うから調べて! ワクワク!」

当然大村さん2個目のノーベル賞



43 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 15:49:38.53 ID:V/UuKTbC.net
そこは経験豊富な年配の研究者と
新しいテクノロジーを取り込むのは早い若い研究者が
役割分担すればいいんじゃないかな



44 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 15:51:37.97 ID:BRc2MSFq.net
Pythonのおかげで驚くほどプログミングの閾値が下がったね。
研究開発に従事している人は使えたほうがいいよ。



45 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 16:00:29.93 ID:dxlZExrE.net
昔はFORTRUNだったな。

SORYは外部ルーチンでいいし
IF文とSEL文だけあれば組めるかなぁ。



46 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 16:07:10.55 ID:pB01WENh.net
AI「過渡的なものじゃないの?


49 : 名刺は切らしておりまして[sage] :2017/05/12(金) 16:19:38.29 ID:V/UuKTbC.net
特殊用途のいろいろなソフトは進化していくだろうけど
世の中のいろいろな事象を認知して
こちらの意図をくみ取って処理してくれるAIは
まだ当分できないと思うけどな



51 : 名刺は切らしておりまして :2017/05/12(金) 16:22:22.18 ID:Hy4hSKAs.net
多量のデータ処理で研究分野ならpythonは有力な選択肢だろ。ビックデータと相性が良くライブラリも文献も豊富。日本では今一人気無いのが勿体無い。

今後もデータは増える一方だしデータサイエンスは基礎学問になっていきそうだな。



元祖オワタあんてな復活
http://news.owata-net.com/

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1.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 19:53 ID:DNRWYT5l0
使いやすい言語使えば
いいだけじゃん

生物学にプログラムって
学問ってそうやって進化してきたんじゃん
2.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 19:58 ID:NxwqAwGZ0
うーん・・膨大な実験データ扱うのは学術分野ならどこでも
一般教養になりつつあるもんだと
3.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 20:15 ID:iw20pqex0
電磁記録よりも紙データのほうが重要性高いから何とも
4.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 20:19 ID:H7ZygYAH0
こいつらの変化を記録する学者もいるんだろ?
5.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 20:53 ID:1iACIGy.0
プログラミングにも色々あるからな
正直、RとかLispなんて普通のエンジニアは使えない。学術的すぎて畏れ多いレベル
逆に非ITの学者もコンピユータアーキテクチャなんて知らない
あんなもんただの道具だから。本質はそこには無い
6.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 20:55 ID:ZAKoBiV50
バイオインフォマティシャ・・・いや、なんでもない
7.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 21:05 ID:duMC.5UP0
ゲノム編集を確立するまでが生物科学。
確立したゲノム編集技術を行使するのが生物工学。
ゲノム編集(工学)おいてプログラミングは必須かもしれないが、科学においてプログラミングの使用は必要条件でも十分条件でもない。
8.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 21:26 ID:EaROfZ9T0
生物が機械に代わる日
9.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 21:58 ID:Wpd15IFp0
専門外の人達がピトンって読んでたのを聞いた
10.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 22:04 ID:iw20pqex0
ざっと計算しても、350mlの缶ビール(ノンアル規定であるアルコール最大含有0.05%と仮定)
としても、基準値いくまでに20本以上を、一口目の分解が完了する3時間〜4時間以内に飲んで、かつ血中含有条件がベストタイミングな短期間で運転してしかも職質される必要あるんだけど…

今日日0.05%含有なんて売ってないだろうし、こいつどんなサイズのノンアルビールを14本飲んだんだろw
11.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 22:05 ID:iw20pqex0
あれ、書く場所間違えた

すまんね
酔ってるのかな
12.  名前 名無しさん@まとめたニュース   2017年05月12日 22:28 ID:VFimQhyk0
大量のデータを扱えない言語なんてあるのかなと
ロートルプログラマは思うのである


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